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温度因子(Beta factor)  

2010-07-17 17:37:22|  分类: 分子模拟 |  标签: |举报 |字号 订阅

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       B 因子是晶体学中的一个重要参数,晶体学中结构因子可以表达为坐标x , y, zBj 因子的函数。物理学上对于Bj 的表征有很多理论模型, 最成功的是由Debye 和Waller 提出的. 将固体内振荡的量子本质计算在内后,他们将Bj 表征为绝对温度T 和其他各基本参数的函数。由此可见, Bj 与原子的质量等基本性质有关,也与实验温度有关。

B 因子体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”( diffusion) , 这个“模糊度”实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态. B 因子越高,“模糊度”越大,相应部位的构象就越不稳定在晶体学数据中, B 因子一般是以原子为单位给出的,我们可以换算成相应残基的B 因子,从而分析残基的构象稳定性1) . 另外,计算出的B 因子中实际上包含了实验中的很多因素,如晶体结构测定的实验误差等,精度高的晶体结构数据提供较可靠的B 因子数据

PDB 中的晶体学数据是以原子为单位的,它所给出的B 因子是相对于每个原子的统计中,首先将原子的B 因子换算成残基的B 因子,即把每个残基所有原子的B 因子取平均值由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大, B 因子相对较高, 所以在统计中除去了这部分残基具体方法是将数据中B 因子高的残基去掉10 % ,对剩下的残基进行统计,计算平均值。

 比较B因子一般比较的是整个残基的,可以由PDB中原子B因子取平均而来。启动这个ba2r程序,输入pdb名字,可以得到一列是残基号,一列是B因子的B-residue.txt文件,方便做图。输入的pdb无需修改,带着注释、TER之类的都没关系。新加入两个功能:pdb的B因子转换为原子rmsf,原子rmsf转换为残基rmsf。新加入了readme.txt

附件:ba2r.rar (116.49 KB)

B因子也叫温度因子,一般在晶体测定的pdb中都有。做图后可以体现蛋白某些部位的活动性和柔韧性。也可以由计算rmsf得来,g_rmsf可以将rmsf换算成B因子输出至pdb,与晶体测定结构中的B因子相比较,如果呈较好的相关,可以说明模拟的过程是正常、合理的。但pdb中的B因子都是原子的,一般是比较残基间的,所以用ba2r可以转换一下。

VMD里面也能做哦,下面是有人写的小段代码:

set pdb_to_open "protein"

set file_to_save "temp"

if [file exists ${file_to_save}] {exec rm ${file_to_save}}

set fs [open $file_to_save a+]

mol load pdb ${pdb_to_open}.pdb

set atom [atomselect top all];

foreach segname [$atom get segname] resname [$atom get resname] name [$atom get name] B [$atom get beta] {

    puts $fs "$segname \t $resname \t $name \t $B"

}

close $fs

exit

 

蛋白骨架变化指标

做完分子动力学后可以用什么指标来衡量蛋白质整体骨架的变化?

RMSD 相对与某一构型的均方根偏差,RMSD降低表明结构更稳定,结合更牢

RMSF 相对与平均构型的均方根涨落,B-Factors和rmsf差不多,他们反映的是结构在整个模拟中的平均变化情况,B-factors的数值大说明对应的位置的活性大,反之相反。rmsf^2=3B/(8*pi^2)

算得rmsf,依此式将rmsf与B-factor相互转化

转自:Gromacs 2009-02-19 06:27:35 阅读213 评论0 字号:大中小

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