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MODELLER 9v7各版本下载地址  

2010-04-21 22:46:43|  分类: 分子模拟 |  标签: |举报 |字号 订阅

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MODELLER is available free of charge to academic non-profit institutions; you will, however, need to register for a license in order to use the software. It is also available through Accelrys for government research labs and commercial entities.

Modeller 9v7, released June 16th, 2009

To install MODELLER on this machine, we recommend the Windows package.

Windows [GPG signature] Installation guide
Mac (Intel or PPC) [GPG signature] Installation guide
Linux (32-bit RPM) Installation guide
Linux (64-bit x86_64 RPM) Installation guide
Linux (64-bit ia64 RPM) Installation guide
Linux (32-bit Debian/Ubuntu package) [GPG signature] Installation guide
Linux (64-bit x86_64 Debian/Ubuntu package) [GPG signature] Installation guide
Generic Unix tarball [GPG signature] Installation guide

GPG signatures are provided for the security conscious, so that you can verify that the files have not been tampered with. (No signatures are given for the RPM packages, because the signatures are already included in those packages.) In order to verify them, you will need this GPG key and a copy of GNU Privacy Guard (GPG).

Supplemental data file downloads

Old (and unsupported) Modeller releases

 

modeller 使用问题答疑(By 中国制造):

1,有些人用不了,可能是机器上没有装python语言因为整个软件是用python语言开发的,可执行命令都是.py的。装个python2.5就OK

2,运行的命令,序列,模版结构都放在一个文件夹里。注意序列,结构名字最好都小写,免得文件名字不识别,出现不必要的麻烦。

3,例如把命令salign.py ,align2d_mult.py,salign.py,序列,PDB结构放D盘model下。

打开modeller终端(开始菜单里,程序里,modeller里长得象DOS窗口的图标),进入D 盘下model目录里,敲入mod9v1 salign.py (就是运行salign.py命令),其他命令以此类推,所有命令前都加mod9v1.如果是modeller9v4,就加mod9v4......

4,当运行有错误了,要看log记录。

命令用前需要修改,比如align2d_mult.py,用编辑器打开后是这样的

aln.append(file='fm00495.ali', align_codes='all')

aln_block = len(aln)

# Read aligned sequence(s):

aln.append(file='TvLDH.ali', align_codes='TvLDH')

# Structure sensitive variable gap penalty sequence-sequence alignment:

aln.salign(output='', max_gap_length=20,

           gap_function=True,   # to use structure-dependent gap penalty

           alignment_type='PAIRWISE', align_block=aln_block,

           feature_weights=(1., 0., 0., 0., 0., 0.), overhang=0,

           gap_penalties_1d=(-450, 0),

           gap_penalties_2d=(0.35, 1.2, 0.9, 1.2, 0.6, 8.6, 1.2, 0., 0.),

           similarity_flag=True)

aln.write(file='TvLDH-mult.ali', alignment_format='PIR')

aln.write(file='TvLDH-mult.pap', alignment_format='PAP')

 "aln.append(file='TvLDH.ali', align_codes='TvLDH')"'TvLDH.ali'名字需要替换成自己的'TvLDH.ali'比对文件名字,以此类推有这名字出现地方都要改。

或者更简单的办法,把你自己的.ali文件名字改成'TvLDH.ali'。文件就不用修改了。

5,有些朋友可能不知道编辑器是什么,它就是一个编辑文件的小软件,记事本有时就有相同功能。UltraEdit或Ediplut都可以。

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